WPK kent vele logistieke uitdagingen: de planning van orders van klanten, de bezettingsgraad van de opkweekruimten, het verplaatsen van producten binnen het bedrijf, de inzet van vaste en flexibele medewerkers en het externe transport. Bij WPK is het logistieke proces dan ook van groot belang. Drie keer per jaar wordt het bedrijf omgebouwd voor de opkweek van warme planten, vervolgens de trayplanten en tot slot de bloeiende potplanten.
Voor het externe transport heeft WPK drie eigen vrachtwagens. Deze worden aangevuld naar behoefte met vrachtwagens van logistieke partners.